Estoy empezando a investigar sobre Zend Application, creo que debo de ser el único que a estas alturas no lo usa; pero nunca es tarde para empezar.

Aquí pongo unos enlaces para comenzar a leer y poder empezar

• zend application ejemplo zend framework (español)
• bootstrapping con zend application (Español, muy bien explicado)
• Set up a Zend Framework application using Zend_Application (including PHPUnit setup) (Ingles, para mí el mejor. Tienes un Zip para descargar con la estructura y config ya echo)